Luego del golpe del 16 de septiembre de 1955, Julio Troxler formó parte de la Resistencia Peronista. Participó junto a sus hermanos Bernardo y Federico en la rebelión del 9 de junio de 1956 de los generales Juan José Valle y Raúl Tanco, y sobrevivió casi milagrosamente a la matanza de los basurales de José León Suárez.
Se refugió en Bolivia, donde mantuvo contacto con John William Cooke, entonces representante de Perón. Fue una figura clave en la coordinación de diversos grupos que recibían los mensajes que enviaba el General desde el exilio.
Tras la traición del gobierno de Frondizi, volvió a la Resistencia. Fue secuestrado, detenido y torturado en varias veces.
En 1972 participa en la filmación de Operación Masacre, dirigida por Jorge Cedrón, y revive –representándose a sí mismo– los fusilamientos de los basurales en 1956. La película se realiza en la clandestinidad, bajo la dictadura de Lanusse, y se estrena recién el 27 de septiembre de 1973.
Tras el triunfo popular de 1973, es designado por el gobernador Oscar Bidegain como subjefe de la Policía de la Provincia de Buenos Aires.
Asume el mismo 25 de mayo en la Unidad Penal Nº 9 de La Plata y libera a los presos políticos. Intenta hacer del cuerpo policial una institución al servicio del pueblo y no destinada a la represión.
Permanece sólo 85 días en el cargo. Luego es nombrado subdirector del Instituto de Estudios Criminalísticos de la Facultad de Derecho y Ciencias Sociales, dependiente de la Universidad de Buenos Aires.
El 20 de septiembre de 1974 fue feriado y Julio iba a encontrarse con Cacho El Kadri frente a la Catedral Metropolitana. Esperaba un colectivo frente a la Facultad de Derecho cuando un Peugeot 504 negro, con cuatro matones, lo levantó en la calle y lo llevó atado en el piso hasta un callejón del barrio de Barracas.
Ahí se les escapó del coche, le dispararon una ráfaga de ametralladora contra un paredón y lo remataron con cuatro tiros de Ithaca en la cabeza.
La Triple A se atribuyó el crimen. “Troxler murió por bolche y mal argentino… Ya van cinco y seguirán cayendo los zurdos”, indicó en un comunicado.
“Si López Rega no manda a cuatro tipos, a Julio no lo matan”, dijo posteriormente Mabel Di Leo, quien ocultó a Julio después de los fusilamientos de 1956 y, diez años después, reorganizó la Rama Femenina del peronismo por directivas de Perón.
“La cabeza tenía la señal de un golpe fuertísimo, para atontarlo. Y a pesar de eso, pudo salir corriendo del auto, con los brazos atados. Había que ser superhombre para salir vivo de ese callejón”.



